中醫(yī)學(xué)在其形成發(fā)展的歷史過程中，融合了大量的中國傳統(tǒng)文化的內(nèi)容，許多哲學(xué)流派、經(jīng)學(xué)流派，無不在中醫(yī)學(xué)的歷史上留下痕跡；中醫(yī)學(xué)形成和發(fā)展，處于宏觀認(rèn)識(shí)客觀事物的知識(shí)背景和氛圍、故只能呈現(xiàn)宏觀優(yōu)勢(shì)和微觀劣勢(shì)；中醫(yī)學(xué)的臨床療效與醫(yī)生個(gè)人的思維技巧及能力密切相關(guān)；中、西醫(yī)藥的認(rèn)識(shí)研究方法不同，形成了醫(yī)學(xué)藥學(xué)的兩大流派。

    認(rèn)識(shí)基礎(chǔ)不同

    中醫(yī)是建立在形象思維基礎(chǔ)之上，像“象形文字”一樣，采用“三維空間”思維，上至宏觀天體運(yùn)行、地理環(huán)境（**，五運(yùn)六氣學(xué)說）；中至人體系統(tǒng)（臟腑等學(xué)說）；下至微觀“宇宙統(tǒng)一場(chǎng)”“人體生物場(chǎng)”（五運(yùn)六氣，經(jīng)絡(luò)學(xué)說），利用人體的直覺、體驗(yàn)找出三個(gè)系統(tǒng)之間的內(nèi)在聯(lián)系，并在此基礎(chǔ)上建立了防病治病學(xué)說。

    西醫(yī)發(fā)展建立在形式邏輯基礎(chǔ)之上，采用“二維空間”思維，利用抽象思維和試驗(yàn)，建立了對(duì)人體局部功能，病因和治療方法的認(rèn)識(shí)。

    觀察方法不同

    中藥則是通過人體直接“感悟”，對(duì)“宇宙統(tǒng)一場(chǎng)”“人體生物場(chǎng)”及微觀物質(zhì)“氣”有所認(rèn)識(shí)，并建立了與宏觀天體、人體有形系統(tǒng)、動(dòng)植物等藥物在內(nèi)聯(lián)系基礎(chǔ)上的經(jīng)驗(yàn)總結(jié)。西醫(yī)藥是利用解剖、分解、分析等方法在顯微鏡下觀察微觀物質(zhì)的經(jīng)驗(yàn)總結(jié)。

    中西藥功效認(rèn)識(shí)途徑不同

    中藥是“神農(nóng)嘗百草”開始的，不僅體驗(yàn)對(duì)局部疾病療效的認(rèn)識(shí)，也體驗(yàn)了對(duì)人體整體陰陽平衡的作用，建立既考慮局部治療功效，又考慮整體平衡的“君臣佐使”的中醫(yī)藥理論體系。

    而西藥功效是從實(shí)驗(yàn)室開始通過動(dòng)物試驗(yàn)，臨床觀察取得對(duì)局部疾病治療作用的認(rèn)識(shí)。

    中西醫(yī)藥認(rèn)識(shí)過程不同

    中醫(yī)發(fā)展強(qiáng)調(diào)“無為”，盡量不用主觀影響客觀。是一個(gè)從客觀經(jīng)驗(yàn)累積到主觀結(jié)論總結(jié)的過程。西醫(yī)發(fā)展是與西方科學(xué)技術(shù)發(fā)展同步的，是先設(shè)立“假說”，通過推理、試驗(yàn)、驗(yàn)證“假說”成立，得出結(jié)論，是一個(gè)從主觀判斷到客觀檢驗(yàn)的過程。