想象一下讓你**一個(gè)圖書館,若要一個(gè)人做這事幾乎要永無止境了。你或許要叫上一些朋友,做個(gè)分類計(jì)劃,然后各個(gè)擊破。
當(dāng)人類的細(xì)胞在每次分裂的時(shí)候,都將面臨**60億個(gè)DNA(脫氧核糖核酸)字母的艱巨任務(wù)。然而,DNA的**機(jī)制并不是逐條染色體慢慢**,而是在多個(gè)起源點(diǎn)同時(shí)“發(fā)力”.一些區(qū)段可能比另一些更早或更晚得到**。
來自哈佛醫(yī)學(xué)院、哈佛布羅德研究所和麻省理工學(xué)院的基因?qū)W家開展了一項(xiàng)新研究,他們發(fā)現(xiàn),包括起源點(diǎn)位置和DNA片段**順序在內(nèi)的“**時(shí)機(jī)”竟然因人而異。
11月13日《細(xì)胞》在線版發(fā)表了這一成果,該研究還確認(rèn)了第一組由“**時(shí)機(jī)”精心策劃的基因變異體。
隱藏的“**時(shí)機(jī)”能影響基因突變率
“每個(gè)人的細(xì)胞都有**基因的計(jì)劃,但并非所有人的**計(jì)劃都一樣,這一點(diǎn)既讓人驚訝又引人入勝。”論文作者斯蒂文·麥卡羅爾說,他是哈佛醫(yī)學(xué)院基因遺傳學(xué)助理教授。
DNA**是細(xì)胞進(jìn)程中最基礎(chǔ)的機(jī)制,人與人之間的任何差異都可能影響基因遺傳,包括個(gè)體疾病風(fēng)險(xiǎn)和人類進(jìn)化。
新研究指出,就目前所知,“**時(shí)機(jī)”會(huì)影響基因突變率,DNA片段過早或過晚**都可能引起更多錯(cuò)誤,不同的“時(shí)機(jī)”會(huì)導(dǎo)致基因突變風(fēng)險(xiǎn)的不同模式。
麥卡羅爾的課題組發(fā)現(xiàn),這個(gè)因果關(guān)系能解釋為什么有些人更容易罹患白血病。
研究人員此前知道,一個(gè)名為JAK2的后天基因突變會(huì)導(dǎo)致這種血液癌癥,他們還注意到,攜帶JAK2突變基因的人,在該基因附近存在一系列特殊的遺傳基因變異體,但是他們并不能肯定,遺傳變異體和新的突變之間具有何種聯(lián)系。
“‘**時(shí)機(jī)’可能是遺傳變異體影響此后基因突變和疾病風(fēng)險(xiǎn)的一種方式,而我們通常認(rèn)為這種方式發(fā)生得很偶然。”麥卡羅爾說。博士后研究員、第一作者阿曼·科倫說,“這是個(gè)出乎所有人意料的全新形式。”
全新方法反映出“真實(shí)的生物學(xué)規(guī)律”
麥卡羅爾和科倫等研究人員之所以取得這些發(fā)現(xiàn)成果,很大程度上因?yàn)樗麄儼l(fā)明了一種儲(chǔ)存DNA“**時(shí)機(jī)”數(shù)據(jù)的新方法。原來,它就藏在人們的眼皮底下。
在此之前,要想研究“**時(shí)機(jī)”,科學(xué)家需要煞費(fèi)苦心地“讓細(xì)胞在幾周內(nèi)成長(zhǎng),用特殊的機(jī)器對(duì)這些細(xì)胞進(jìn)行分類,再做一個(gè)大型的、復(fù)雜的、昂貴的、費(fèi)時(shí)的實(shí)驗(yàn)。所有這些都是為了同時(shí)獲得幾個(gè)人的相關(guān)材料。”科倫解釋道。
研究人員探索了一個(gè)更簡(jiǎn)便的方法。他們求助于一個(gè)“1000基因圖譜項(xiàng)目”,該項(xiàng)目包含了從世界各地幾百人身上采集的在線基因序列數(shù)據(jù)。
由于這個(gè)項(xiàng)目中的大多數(shù)DNA都已從積極分裂細(xì)胞中提取完畢,研究小組假設(shè),“**時(shí)機(jī)”的信息就隱藏在其中。
他們猜對(duì)了。他們計(jì)算了每個(gè)基因圖譜中單個(gè)基因的**數(shù)量。因?yàn)檩^早得到**的起源點(diǎn)所生成的基因片段數(shù)量比晚生成的片段多一些,這樣他們就能為每個(gè)人生成各自個(gè)性化的“**時(shí)機(jī)”映射圖。
“人們之前看到過這樣的模式,但是因?yàn)榛蚪M測(cè)序技術(shù)的落后而錯(cuò)過了這些現(xiàn)象。”麥卡羅爾說,在進(jìn)行了許多排除可能性的大量測(cè)試后,“我們發(fā)現(xiàn),這種模式反映了真實(shí)的生物學(xué)規(guī)律。”
研究人員接下來用個(gè)人基因序列數(shù)據(jù),比較每個(gè)人的“**時(shí)機(jī)”差異是否與特殊基因變異體相匹配。從161個(gè)樣本中,他們確定了16個(gè)基因變異體。這些變異體很短,大多數(shù)也很普遍。
期待能窺見整個(gè)“冰山”的大型實(shí)驗(yàn)
未來,在研究中會(huì)發(fā)現(xiàn)更多的變異體,研究人員在實(shí)驗(yàn)室將會(huì)更熟練地掌控“**時(shí)機(jī)”,還會(huì)搞清楚它是如何工作的,以及其在生物學(xué)中的重大意義。
類似的研究應(yīng)該繁榮發(fā)展,“研究‘**時(shí)機(jī)’,現(xiàn)在需要做的就是培養(yǎng)細(xì)胞并對(duì)DNA測(cè)序,而現(xiàn)在很多人都在做。”科倫說,新方法“更簡(jiǎn)單、更快捷、更省錢,我希望它能帶來一種變革,因?yàn)槲覀儸F(xiàn)在完全可以在更大范圍內(nèi)搞大型實(shí)驗(yàn)。”
“在基因序列數(shù)據(jù)中,我們發(fā)現(xiàn)了生物學(xué)信息。”麥卡羅爾補(bǔ)充道,“但這只是一個(gè)附屬的生物學(xué)實(shí)驗(yàn)而已。想象一下,當(dāng)我們和其他人真正設(shè)計(jì)了研究這一現(xiàn)象的實(shí)驗(yàn),并從中所獲取的結(jié)果吧。”
比如,變異體的位置臨近**起源點(diǎn),這讓研究小組想知道,通過改變一個(gè)人的起源點(diǎn)能否影響“**時(shí)機(jī)”;他們還懷疑,變異是否是通過改變?nèi)旧w結(jié)構(gòu)來實(shí)現(xiàn)的以及為什么會(huì)這樣;他們還想尋找控制“**時(shí)機(jī)”的其他變異體。
“這16個(gè)基因變異體只是冰山一角。”科倫說。
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